La mort du pape Alexandre VI en 1503 marqua un tournant décisif pour la Maison de Borgia. Privée de la charge papale qui avait servi de pivot à leur formidable pouvoir, la famille se retrouva assaillie d'ennemis de toutes parts. L'élection de Giuliano della Rovere comme pape Jules II inaugura une période d'opposition déterminée à tout ce qui était Borgia. Les archives du Vatican du début du XVIe siècle détaillent une purge systématique et souvent impitoyable : ceux soupçonnés de loyauté envers les Borgia furent sommairement destitués de leurs postes, les biens familiaux furent saisis, et les territoires laborieusement acquis pendant le règne d'Alexandre VI furent récupérés par des puissances rivales désireuses d'effacer toute trace de l'ascendance Borgia.
Les sources contemporaines décrivent cette période comme celle d'un démantèlement méthodique. Les inventaires papaux énumèrent les propriétés Borgia confisquées, des palais urbains de Rome aux domaines ruraux de la Romagne. Les Appartements Borgia — autrefois l'épicentre des cérémonies de cour et du mécénat artistique — furent fermés, leurs salles ornées de fresques interdites au public et leurs trésors progressivement dispersés. Les observateurs notèrent un changement marqué dans l'atmosphère du Vatican : la pompe élaborée, les processions vibrantes et la culture d'étalage ostentatoire associée à l'ère Borgia cédèrent la place à un ethos d'austérité et de réforme sous l'administration de Jules II.
Cesare Borgia, autrefois le modèle même de l'ambition et de l'art de gouverner de la Renaissance, fit face à un renversement de fortune rapide et catastrophique. Abandonné par les capitaines mercenaires et les alliés politiques, il fut contraint de fuir Rome et de chercher refuge à la cour du roi de Navarre. Les chroniques contemporaines et la correspondance diplomatique d'Espagne et d'Italie décrivent le sentiment croissant d'isolement de Cesare. Ses efforts pour rallier des soutiens et reconquérir les territoires perdus en Romagne rencontrèrent peu de succès ; les populations locales, lassées par des années de conflit et de lourdes taxes, reportèrent leur loyauté vers la cause papale, tandis que les condottieri qui avaient autrefois prêté allégeance à Cesare négociaient désormais ouvertement avec ses adversaires. Les dépêches militaires de l'époque indiquent que le réseau militaire Borgia, qui avait autrefois semé la peur dans toute l'Italie centrale, s'effondra avec une rapidité remarquable, ses officiers étant soit exécutés, soit absorbés dans des armées rivales.
La dynamique interne de la famille accéléra encore leur déclin. La mort d'Alexandre VI laissa un vide d'autorité qu'aucun Borgia ne put combler. L'exil de Cesare et la perte de son pouvoir temporel fragmentèrent l'unité de la famille. Les archives italiennes et espagnoles subsistantes révèlent comment les Borgia restants se dispersèrent à travers les cours d'Italie et d'Espagne. Lucrèce Borgia, qui à cette époque s'était établie comme Duchesse de Ferrare, chercha à se distancier des scandales et des intrigues politiques de son passé romain. Les documents de la cour de Ferrare suggèrent qu'elle se tourna vers l'intérieur, se consacrant au bien-être de ses enfants et à l'administration de son duché. Elle réorienta son mécénat vers des projets religieux et artistiques locaux, peut-être dans un effort pour cultiver la respectabilité et la stabilité en période d'incertitude. Dans les cours d'Europe, le nom des Borgia, autrefois symbole d'audace et de ruse, devint un fardeau ; la correspondance entre maisons nobles révèle une réticence généralisée à s'associer à la famille, de peur que la suspicion ou la disgrâce ne s'ensuivent.
Les conséquences de la chute de la famille furent à la fois immédiates et de grande portée. La mosaïque de territoires minutieusement assemblée par Cesare, qui avait brièvement menacé de former une nouvelle principauté en Italie centrale, fut réintégrée aux États pontificaux. Les réformes administratives introduites sous les Borgia — mesures conçues pour centraliser l'autorité et rationaliser les opérations fiscales — furent dans de nombreux cas annulées, les nouveaux fonctionnaires papaux cherchant à réaffirmer les formes traditionnelles de gouvernance. Les réseaux de mécénat sophistiqués qui avaient prospéré sous Alexandre VI furent démantelés, leurs artistes et érudits dispersés dans d'autres cours. Néanmoins, les héritages architecturaux et artistiques de la famille perdurèrent. Les fresques de Pinturicchio dans les Appartements Borgia, les chapelles qu'ils dotèrent et les résidences palatiales qu'ils construisirent restèrent des témoins muets d'une ère définie à la fois par le génie et l'excès.
Des preuves issues des chroniques contemporaines révèlent un climat de récrimination et de vengeance dans les années qui suivirent la chute des Borgia. D'anciens alliés furent poursuivis ou exilés ; des biens furent confisqués et des fortunes perdues. Les rumeurs, attisées par les ennemis et les historiens ultérieurs, proliférèrent — des récits persistants de trésors Borgia cachés, de passages secrets sous les palais romains et de complots ourdis de loin. La réputation de la famille, déjà ternie par des actes réels et présumés d'empoisonnement et d'intrigue, devint le récit dominant dans l'imagination européenne. Les chroniqueurs et les moralistes invoquèrent le nom des Borgia comme un emblème de prudence contre la corruption et la décadence, renforçant une mythologie qui perdurerait pendant des siècles.
Pourtant, le déclin de la maison ne fut pas sans moments de résilience. Certaines branches de la famille se retirèrent en Espagne, où elles reprirent des rôles dans l'administration locale ou l'Église, s'adaptant aux nouvelles circonstances avec un pragmatisme caractéristique. D'autres cherchèrent refuge dans les cours plus tolérantes de France ou de Naples, où l'ombre de l'hostilité papale était moins prononcée. Cependant, l'unité et le but qui avaient autrefois défini l'ambition des Borgia furent irrémédiablement perdus, remplacés par un sentiment d'exil et de fragmentation. La vision d'une dynastie Borgia régnant sur l'Italie centrale se dissipa au milieu d'une opposition écrasante et des marées inexorables de la politique papale.
La culture matérielle de cette période témoigne d'un héritage en recul. Les inventaires des propriétés Borgia révèlent des fresques fanées dans des salles closes, des chapelles négligées où la famille avait autrefois prié, et des portraits dispersés relégués dans des débarras. Les Appartements Borgia, autrefois splendides, avec leur riche iconographie et leurs plafonds dorés, restaient en grande partie vides, leur grandeur de plus en plus perçue à travers le prisme de la nostalgie et du récit édifiant. Les visiteurs de Rome dans les décennies suivant la mort d'Alexandre VI remarquèrent le contraste entre le passé opulent des Appartements et leur silence actuel — un rappel physique de l'ambition et de ses limites.
Au milieu du XVIe siècle, le nom des Borgia avait presque disparu des registres du pouvoir. Le dernier descendant notable, François Borgia, trouverait sa destinée non pas en tant que prince séculier, mais en tant que saint jésuite, sa vie marquée par le renoncement plutôt que par la conquête. Ainsi, la transformation de la famille — d'étrangers ambitieux à dirigeants, et finalement à reliques d'un monde disparu — était complète. Pourtant, même si les portes se fermaient sur les palais Borgia et que leur lignée diminuait, l'histoire des Borgia était loin d'être terminée. Leur héritage, complexe et controversé, résonnerait dans les siècles à venir, façonnant les perceptions du pouvoir, de la moralité et de l'ambition à travers l'Europe, et laissant derrière lui une fascination durable pour les limites de l'aspiration humaine.