L'apogée de la dynastie Borjigin céda la place, au fil des générations, à une ère définie par la fragmentation et le déclin. À la fin des XIIIe et XIVe siècles, l'unité qui avait jadis caractérisé la Maison de Gengis Khan avait commencé un lent et inexorable délitement. Des intérêts concurrents, des rivalités dynastiques et des pressions externes croissantes convergèrent pour éroder les formidables fondations de l'hégémonie Borjigin. L'empire qui s'était autrefois étendu des rives du Pacifique aux plaines de Hongrie devint une mosaïque de khanats rivaux, chacun gouverné par des branches concurrentes de la famille, leur ascendance partagée étant désormais une source de division plutôt que de force.
La dynastie Yuan en Chine, établie par Kubilaï Khan, devint un point focal à la fois de gloire et de crise croissante. Les chroniques de cour des dernières années des Yuan rapportent une succession d'empereurs dont l'autorité s'affaiblissait à chaque génération. La dépendance croissante envers les favoris de la cour, les eunuques et les conseillers étrangers — persans, d'Asie centrale et tibétains — aliéna progressivement les élites mongoles et chinoises. Les registres contemporains décrivent la grandeur de Dadu (Pékin), où les murs palatiaux enfermaient des salles scintillantes et des jardins à la française, avec des processions et des banquets qui cherchaient à projeter la majesté impériale. Pourtant, sous la surface, les preuves révèlent un mécontentement croissant parmi la population. Les impôts montèrent en flèche pour subventionner l'extravagance de la cour et les campagnes militaires, tandis que la corruption gangrenait la bureaucratie. Les armées mongoles, autrefois invincibles, luttaient pour maintenir le contrôle sur un empire vaste et agité. Des rébellions couvaient dans les campagnes, et les registres indiquent que le banditisme et les troubles locaux devinrent endémiques dans les dernières années des Yuan.
À l'ouest, l'Ilkhanat et le Khanat de Djaghataï firent face à leurs propres crises. Les chroniques persanes et les registres familiaux décrivent un paysage déchiré par des guerres intestines, des assassinats et des alliances changeantes. La lignée Borjigin, qui avait autrefois lié les khanats dans un réseau de parenté, devint la cause même de la discorde alors que des prétendants rivaux ralliaient des partisans parmi l'aristocratie et l'armée pour leurs tentatives de prise de pouvoir. Dans l'Ilkhanat, la mort d'Abu Saïd en 1335 sans héritier clair conduisit à une crise de succession et à la désintégration rapide de l'autorité centrale. Le Khanat de Djaghataï, quant à lui, se fractura en factions orientales et occidentales, comme documenté par les voyageurs et les annalistes locaux.
La Horde d'Or, longtemps une force dominante dans les steppes et sur les principautés russes, sombra dans des cycles de guerre civile. Les chroniques russes contemporaines et les sources de la steppe décrivent comment des khans rivaux — souvent des proches parents — se succédaient rapidement, soutenus par des coalitions changeantes parmi la noblesse mongole et les peuples assujettis. Les « Grandes Troubles » de la fin du XIVe siècle virent l'alternance rapide des khans et une dévastation généralisée, affaiblissant le contrôle des Borjigin sur leurs vastes domaines.
Le déclin ne fut pas uniquement le produit de luttes internes. Des menaces externes aggravèrent les malheurs de la dynastie sur chaque frontière. L'ascension de la dynastie Ming en Chine, dirigée par Zhu Yuanzhang, culmina avec le renversement des Yuan en 1368. Les sources chinoises contemporaines détaillent l'expulsion de la cour Borjigin des palais de Dadu et la réaffirmation du pouvoir Han chinois, marquée par la reconstruction symbolique de la ville sous l'autorité Ming. À l'ouest, l'avancée des Timourides en Asie centrale, et l'empiètement de la puissance ottomane et russe dans l'ancienne sphère mongole, érodèrent davantage l'influence des Borjigin. L'empire autrefois unifié était désormais cerné par de nouveaux États ambitieux et des puissances régionales montantes.
La vie spirituelle de la dynastie subit également une profonde transformation. Les pratiques chamaniques autrefois dominantes du Tengrisme cédèrent progressivement la place à la propagation du bouddhisme tibétain parmi les Mongols orientaux. Les documents de cour et les chroniques de l'époque rapportent la fondation de monastères bouddhistes, la construction de temples ornés de tentures de soie et de statues dorées, et le patronage de lamas éminents par les Borjigin en Mongolie. Simultanément, l'Islam devint prépondérant dans les khanats occidentaux. Les dirigeants de la Horde d'Or et du Khanat de Djaghataï adoptèrent de plus en plus l'Islam comme religion d'État, comme documenté dans les inscriptions et la correspondance diplomatique. Cette divergence religieuse compliqua davantage l'unité familiale, car différentes branches poursuivaient leurs propres agendas spirituels et politiques, enracinant les identités régionales au détriment de l'idéal pan-mongol.
La culture matérielle des Borjigin à cette époque reflétait à la fois leur fierté durable et leurs circonstances diminuées. Les preuves archéologiques de la Mongolie post-Yuan révèlent la construction de monastères fortifiés — aux murs de pierre et stratégiquement situés pour la défense — et de sanctuaires qui devinrent des centres d'autorité locale. Pourtant, à côté de cela, l'abandon de grands centres urbains tels que Karakorum est attesté par les ruines laissées derrière, envahies par la végétation et silencieuses. En Russie et en Asie centrale, l'héritage de la domination mongole persista dans les pratiques administratives, la monnaie et l'architecture, mais les Borjigin eux-mêmes furent de plus en plus marginalisés par l'ascension de dynasties locales et de nouvelles élites qui adaptèrent les innovations mongoles à leurs propres fins.
Les chroniques familiales et les annales régionales n'hésitent pas à aborder les aspects plus sombres de cette époque. Des accusations de décadence, de fratricide et même de folie hantent les registres des derniers Borjigin. Les schémas de violence interne — exécutions de rivaux, aveuglement ou exil de princes, trahison de parents — devinrent trop courants. Les chroniqueurs rapportent que les rituels d'intronisation et de succession, autrefois chorégraphiés pour projeter l'unité, se déroulaient désormais souvent sous l'ombre de l'intrigue ou d'une violence pure et simple. La maison autrefois fière, qui avait uni la steppe et régné du Pacifique à la mer Noire, semblait vouée à l'obscurité, son héritage de plus en plus éclipsé par l'ascension de nouvelles puissances.
Au début du XVIIe siècle, seuls les derniers vestiges du règne des Borjigin s'accrochaient aux steppes de Mongolie. L'ascension des Dzoungars Oïrats et l'intervention de la dynastie Qing signèrent la fin définitive de l'indépendance des Borjigin. En 1634, Ligdan Khan, le dernier grand khan reconnu des Borjigin, tomba au combat. Ainsi s'acheva le règne séculaire de la dynastie — un chapitre de l'histoire mondiale marqué à la fois par la grandeur et la dissolution. Pourtant, même dans la défaite, le nom Borjigin conserva une mystique puissante, ses échos résonnant dans les mémoires et les institutions des États successeurs, façonnant l'avenir de manières inattendues et durables.