L'âge d'or des Médicis ne pouvait durer. Au début du XVIIe siècle, les fortunes de la famille déclinaient, assaillies de toutes parts par des faiblesses internes et des menaces externes. Les derniers Grands-Ducs Médicis, à commencer par Cosimo II, héritèrent d'un royaume qui n'était plus le centre vibrant et innovant de la Renaissance, mais plutôt un État confronté à des pressions fiscales croissantes et à un ordre européen en mutation. Les chercheurs examinant les registres financiers contemporains ont attribué la pression sur le trésor des Médicis à l'effet cumulatif de guerres prolongées, de dépenses de cour extravagantes et de la longue ombre de l'effondrement de la Banque Médicis en 1494 – un désastre financier dont les répercussions continuèrent d'entraver les ambitions des Médicis pendant des générations.
Les documents administratifs et les rapports d'ambassadeurs de cette période dépeignent une famille de plus en plus isolée des courants de la vie civique florentine. La cour des Médicis au Palazzo Pitti, agrandie et somptueusement décorée par les souverains successifs, devint un symbole à la fois d'opulence et de détachement. Enveloppés dans un protocole complexe, gardés par des mercenaires suisses et immergés dans un monde de cérémonie rigide, les Grands-Ducs et leurs courtisans se retirèrent derrière des portes dorées. Les inventaires de l'époque cataloguaient une abondance d'œuvres d'art, de bijoux et de curiosités rares, mais notaient également comment ces trésors étaient enfermés, loin du regard du public. Les descriptions historiques des cérémonies de cour indiquent que les audiences publiques devinrent rares, tandis que les festivals devinrent plus exclusifs et moins liés aux traditions qui liaient autrefois le souverain et la ville.
Cette réclusion croissante fut reflétée par une concentration du pouvoir entre les mains du Grand-Duc et d'une petite coterie de conseillers. Les documents d'État et les lettres diplomatiques révèlent que les Médicis s'appuyaient de plus en plus sur un cercle restreint de favoris, certains nés à l'étranger, d'autres issus de la petite noblesse toscane. Cette pratique engendra du ressentiment au sein de l'élite plus large et favorisa un climat d'intrigue et de suspicion. Des accusations de corruption, de népotisme et même d'empoisonnement circulèrent tant dans les couloirs du Palais Pitti que dans les dépêches des diplomates étrangers, reflétant une politique minée par la méfiance. Les historiens politiques signalent plusieurs complots et scandales documentés impliquant des fonctionnaires de la cour et des membres de la famille élargie des Médicis, suggérant que la cohésion interne de la dynastie était soumise à une forte tension.
Les crises de succession aggravèrent ces vulnérabilités. La mort précoce de Cosimo II en 1621 laissa le Grand-Duché entre les mains de son jeune fils, Ferdinando II, sous la régence de Maria Maddalena d'Autriche et de Christina de Lorraine. Les registres du conseil et les chroniques de l'époque suggèrent que cette régence fut marquée par le factionnalisme, la rivalité entre conseillers étrangers et locaux, et une indécision générale en matière de politique. La stratégie dynastique des Médicis, autrefois caractérisée par des mariages astucieux et avantageux, commença à faiblir. Les contrats de mariage de l'époque montrent un glissement vers des alliances avec des maisons moins influentes, les dynasties plus puissantes se tournant de plus en plus ailleurs. L'incapacité de la famille à nouer des liens matrimoniaux solides contribua à son isolement croissant et, à long terme, à son incapacité à produire des lignées de succession robustes.
Pendant ce temps, les pressions extérieures s'intensifièrent. La Guerre de Trente Ans, et l'essor concomitant des monarchies centralisées en France et en Espagne, marginalisèrent le rôle de la Toscane dans la politique européenne. Les preuves archivistiques issues de la correspondance diplomatique montrent que les envoyés des Médicis luttaient pour maintenir l'influence dont leurs prédécesseurs avaient joui. Les ambitions territoriales de la Toscane diminuèrent, et sa voix auprès des cours étrangères s'affaiblit à mesure que le continent était redessiné par des États plus grands et plus militarisés. Les routes commerciales se déplacèrent, et la base économique qui avait autrefois soutenu la grandeur des Médicis s'éroda, exacerbant davantage les difficultés fiscales.
Les derniers souverains Médicis présentèrent des traits qui, selon les registres de cour et les récits personnels, ne firent qu'aggraver les difficultés de la famille. Cosimo III, par exemple, était réputé pour son conservatisme religieux intense et sa conduite de plus en plus excentrique. Des documents de son règne rapportent des épisodes de paranoïa, de réclusion et de sévérité envers les ennemis perçus. L'exécution du mari d'Anna Maria Luisa, Johann Wilhelm, pour des raisons politiques, est notée dans les rapports diplomatiques ; de même, les registres indiquent l'enfermement forcé de parentes féminines pour prévenir des héritages contestés ou une influence étrangère, soulignant le désespoir de la famille à sauvegarder son pouvoir déclinant.
La culture matérielle de cette période reflète le déclin de la famille avec une clarté poignante. Les inventaires et les relevés de biens de la fin du XVIIe et du début du XVIIIe siècle décrivent des pièces palatiales fermées et laissées à l'abandon, des galeries bordées de portraits d'ancêtres assombris, et des réserves remplies de trésors négligés. Les registres botaniques et les journaux de visiteurs documentent des jardins autrefois réputés pour leur innovation et leur beauté devenant envahis et sauvages. L'atmosphère de grandeur passée imprégnait non seulement les palais mais aussi l'image publique des Médicis, à mesure que la capacité de mécénat de la dynastie diminuait et que sa vie cérémonielle perdait son éclat d'antan.
Les conséquences structurelles de ces schémas furent profondes. L'incapacité des Médicis à assurer un héritier mâle viable devint une menace existentielle, les lignées de succession devenant de plus en plus ténues. Gian Gastone, le dernier Grand-Duc Médicis mâle, était sans enfant, prétendument désintéressé par la gouvernance, et de plus en plus reclus. Les documents de cour et les récits étrangers attestent d'un règne marqué par l'inertie administrative, des apparitions publiques de plus en plus rares et une perte de prestige tant auprès des citoyens florentins que des observateurs internationaux.
Dans les dernières années de la dynastie, Anna Maria Luisa, la formidable sœur de Gian Gastone, chercha à sauver ce qui restait de l'héritage des Médicis. Par le Pacte de Famille, un accord juridiquement contraignant documenté dans les registres officiels, elle s'assura que l'incomparable collection d'art et de trésors de la famille resterait à jamais à Florence, stipulant qu'ils ne pourraient jamais être retirés de la ville. Cet acte, décrit dans les chroniques contemporaines, préserva le patrimoine culturel des Médicis même si leur lignée s'éteignit.
Lorsque Gian Gastone mourut en 1737, l'extinction de la dynastie Médicis devint un fait. Le Grand-Duché de Toscane passa à la Maison de Lorraine, comme convenu par traité européen et protocoles de succession dynastique. La domination séculaire des Médicis sur Florence, autrefois synonyme de génie artistique et de perspicacité politique, prit fin en douceur. Pourtant, comme l'ont souligné les observateurs de l'époque et les historiens ultérieurs, l'empreinte de la famille sur la ville – son art, son architecture et ses institutions civiques – demeura indélébile, façonnant l'identité de Florence et préparant le terrain pour des débats continus sur la nature et l'héritage du pouvoir des Médicis.